سال ۱۳۵۹ جنگ آغاز شد و آیت‌الله صدوقی در سال ۱۳۶۱ به شهادت رسید.
در طول این مدت کوتاه این عالم مجاهد نسبت به سایرین، بیشترین حضور را در خطوط مقدم جبهه داشتند. برای رزمندگان جای تعجب بود که با وجود سن بالایی که داشت مسافت طولانی را از یزد تا جبهه می پیمود. آیت‌الله صدوقی بیان می‌کرد: « من باید به خطوط مقدم جبهه بروم، جان من فدای اسلام و قرآن».
شهید آیت‌الله صدوقی با وجود کهولت سن بارها در سنگر حاضر می‌شدند. حتی در دوران کسالت شخصاً به خط مقدم و دیدار رزمندگان اسلام می‌رفتند و روزهایی چند با رزمندگان هم‌نشین بودند و به آنان روحیه می‌دادند. حضور پررنگ و حساس وی در طول تاریخ انقلاب باعث شد که منافقان بارها دست به ترور شهید بزنند که در بسیاری از موارد نافرجام بود اما بالاخره توانستند ایشان را به درجه رفیع شهادت برسانند. وقتی ایشان به شهادت رسید، برخی از رادیوهای بیگانه اعلام کردند که مرد شماره دو انقلاب ترور شد.»
توجه و اهتمام ویژه شهید آیت‌الله صدوقی به پشتیبانی مستمر مالی و معنوی از رزمندگان و حضور او در جبهه‌ها به رغم بیماری شدید، یکی از موثرترین حربه‌ها در راستای خنثی سازی تبلیغات دشمنان و موجب دلگرمی رزمندگان بود. این عالم با روحیه بالا و اخلاص بی‌نظیرشان در تقویت ایمان جوانان و هدایت آنان، جایگاه ممتازی را در دل آنان باز کرده بودند، به گونه ای که از پس سال‌ها هنوز می‌توان این حضور صمیمی را از زبان رزمندگان آن روزها دریافت.
سال ۱۳۵۹ جنگ آغاز شد و آیت‌الله صدوقی در سال ۱۳۶۱ به شهادت رسید. در طول این مدت کوتاه این عالم مجاهد نسبت به سایرین، بیشترین حضور را در خطوط مقدم جبهه داشتند. برای رزمندگان جای تعجب بود که با وجود سن بالایی که داشت مسافت طولانی را از یزد تا جبهه می‌پیمود. آیت‌الله صدوقی بیان می‌کرد: « من باید به خطوط مقدم جبهه بروم، جان من فدای اسلام و قرآن».
:
-
یک ماه پس از اعلام مخالفت رهبری با این گونه حرکت ها / تندروها مراسم بزرگداشت شهید صدوقی را هم به آشوب کشیدند
-
انتقاد به اغتشاش در مراسم بزرگداشت شهید صدوقی / این اغتشاشگران سیاسی از رهبری عبور کرده اند؟
تا اینکه در تاریخ ۱۰ رمضان ۱۴۰۲ هجری قمری و مصادف با روز جمعه یازدهم تیرماه ۱۳۶۱ هجری شمسی یکی از اعضای سازمان مجاهدین خلق به نام «رضا ابراهیم‌زاده»، در عملیاتی انتحاری، پس از اقامه نماز جمعه به آیت‌الله محمد صدوقی نزدیک شد و پس از دست دادن او را در آغوش گرفت.
قبل از هر اقدامی در یک لحظه کمربند انتحاری نارنجک‌های همراه فرد انتحاری (ابراهیم‌زاده) که به دور کمر خود بسته بود، منفجر شد. صدوقی و فرد مهاجم در دم کشته شدند و یکی از محافظان حلقه یک او به نام احمدرضا سلطانی از ناحیه کمر به پایین به دلیل اصابت ترکش زخمی شد و بعد از آن نیز چهار نفر از بانوان بر اثر ازدحام جمعیت درگذشتند. پیکرش در مسجد حظیره (روضه محمدیه) یزد آرام گرفت. این عالم چهارمین شهید محراب است.
۲۱۲۳۱
ایسنا نوشت: قبل از هر اقدامی در یک لحظه کمربند انتحاری نارنجک‌های همراه فرد انتحاری (ابراهیم‌زاده) که به دور کمر خود بسته بود، منفجر شد. صدوقی و فرد مهاجم در دم کشته شدند
